基礎設施是指客運鐵路系統的實體架構，例如橋樑、隧道、軌道和車站的增建和/或改善工程。 了解市場、服務和列車技術，將有助 Link21 團隊針對所需的基礎設施改善工程提出建議。
Link21 團隊一直在考慮未來基礎設施的許多方面，並會根據公眾意見評估往後工作階段的多個可行方案。 區域鐵路服務改善工程需要獲得擁有鐵路通行權的公司批准。 根據改善工程的位置，這可能包括聯合太平洋鐵路公司、BNSF 鐵路公司或半島走廊聯合監管委員會 (Peninsula Corridor Joint Powers Board (Caltrain))。
連通各地的關鍵是興建全新跨灣客運鐵路通道
在選民支持下並有以往研究做基礎，Link21 團隊現正規劃連通屋崙（奧克蘭）和舊金山的全新跨灣客運鐵路通道。 我們的初步市場分析數據顯示，全新跨灣通道將填補巨大的服務缺口、減少溫室氣體排放，並緩解北加州最為嚴重的交通瓶頸問題。
全新的跨灣通還將促進兩側發展新的交通連接，釋放出改善大都市圈客運鐵路行程的潛力。 興建全新跨灣客運鐵路通道、進行 Link21 其他改善工程，連同大都市圈其他合作夥伴規劃和實施的其他鐵路改善項目，將使大都市圈各地的鐵路交通更加四通八達、更加方便。
Link21 將不會興建鐵路橋樑
Link21 團隊曾考慮建造客運鐵路橋的可行性，以替代地下通道。 因為三藩市與耶爾巴布埃納島 (Yerba Buena Island) 之間的水域是主要船舶航道，鐵路橋樑需要建得很高才能讓船隻從下面通過。
全新跨灣通道很可能連接到現有的地下車站，例如 Salesforce 客運中心 (Salesforce Transit Center)。 對大多數火車而言，從深入地底再攀登至橫跨航道的高橋，會過於陡峭。 因此，有需要興建一條極長的坡道穿過舊金山市區，而這構思並不可行。
Link21 團隊因此建議將客運鐵路橋樑方案從進一步考慮中排除。
我們客運鐵路系統轉型的其他主要機會
除了全新跨灣客運鐵路通道外，Link21 團隊已確定其他需要考慮的主要基礎設施，以實現我們連通北加州的願景。
大都市圈目前的鐵路網絡存在許多限制，而這將體現在 Link21 計劃及其提供的客運鐵路改善工程方面。 這些限制直接挑戰 Link21 計劃的發展，並將由 Link21 與合作機構解決。
貝尼西亞-馬丁尼茲鐵路橋樑
貝尼西亞-馬丁尼茲鐵路橋 (Benicia-Martinez Rail Bridge) 是建於近百年前的垂直升降橋。 橋跨中央可以開啟通道，讓大型船舶和船隻穿過卡奎內斯海峽 (Carquinez Strait)。 但並沒有可靠的船隻通行時間表。 因此，有船隻出現時，火車必須等候，並且可能延誤時間。
列治文至馬丁尼茲海岸線
列治文到馬丁尼茲海岸線 (Richmond to Martinez Shoreline) 路線是一條彎彎曲曲繞着海岸線延伸的美麗火車線。 在某些部分，火車運行時速低至 25 哩。 路線彎曲的地方意味著軌道磨損較快，需要更多維護。 由於氣候變化和暴潮，這段軌道也容易受到海平面上升影響。 （海平面上升是氣候變遷使地球海水增加所致。）
傑克倫敦廣場路面軌道
屋崙（奧克蘭）市傑克倫敦廣場 (Jack London Square) 的區域鐵路列車處於路面水平，與貨運列車、汽車、騎行人士和行人共用空間。 為確保安全，列車行駛非常緩慢。 貨運列車進入屋崙（奧克蘭）港之前，通常會在軌道等候。 這情形導致走廊擠塞並限制客運鐵路服務。
屋崙（奧克蘭）三角線
所有 BART 路線都會經過三角線 (Wye)，形成系統的低速夾點。
市中心延線和 Salesforce 客運中心
由跨灣聯合監管局 (Transbay Joint Powers Authority) 管理的市中心鐵路延線 (Downtown Rail Extension) 項目，會將 Caltrain 通勤鐵路從目前位於三藩市 Fourth street 和 King street 交界的終點站延伸到新的 Salesforce 客運中心。 將來，Salesforce 客運中心將會成為加州高速鐵路系統的三藩市終點站。 Link21 團隊一直研究各種方法，以便將全新跨灣客運鐵路通道連接到 Salesforce 客運中心地下層。
Salesforce 客運中心地處稠密的市區。 將跨灣通道經地底連接至中心，工程中存在許多挑戰，可能需要大量的基礎設施投資。
